[세무 칼럼] 

상업용 부동산 거래에서는 양도소득세나 취득세에 관심이 쏠리지만, 실무에서 뜻밖의 세금 폭탄과 현금흐름 막힘을 유발하는 주범은 ‘부가가치세’다. 관련 조항을 사전에 검토하지 않고 계약했다가 수천만 원에서 억 단위의 부가세를 추가 부담하는 사례가 빈번하다. 상업용 건물 거래 시 반드시 짚어야 할 핵심 절세 포인트를 살펴본다.

토지는 면세, 건물은 10% 과세 : 부가가치세의 기본 구조

토지의 공급은 부가가치세법 제26조 제1항 제14호에 따라 면세이나, 건물분은 동법 제4조에 따라 10%가 과세된다. 예컨대 총 50억 원 상가에서 토지 40억·건물 10억으로 산정되면 건물분 1억 원의 부가세가 발생한다.

이 금액은 누가 내는 것인가? 통상 부가가치세는 매수인이 부담한다. 그러나 매매대금에 포함할지 계약 단계에서 명확히 정하지 않으면 매도인은 부가세대금을 받지 못하고 할인하여 판매하는 경우가 있다. 따라서 매도인은 매매계약서에 부가세 부담은 매수인의 부담임을 명확히 작성할 필요가 있다.

매수자의 현금 부담을 없애는 ‘사업 포괄양수도’

자금 부담면에서 가장 유리한 방법은 ‘사업 포괄양수도'(부가가치세법 제10조 제9항 제2호)로, 성립하면 거래 자체가 과세 대상에서 제외돼 부가세를 주고받을 필요가 없다. 다만 이는 포괄양수도 요건을 엄격히 충족해야 한다.

①양도인과 양수인의 과세유형 일치,

②기존 임대차 계약·임차인 승계로 사업의 동일성 유지, ③계약서에 포괄양수도임을 명확히 명시. 특약만 기재했다고 인정되는 것은 아니며(조심2023중8941에서는 임차인 퇴거·요건 미이행 등으로 부인됨), 계약 전 요건이 맞는지에 대한 세무 전문가의 사전 검토가 중요하다.

포괄양수도가 불가능할 때 : 조기환급도 활용 가능

직접 사용하거나 임차인을 승계하지 않아 포괄양수도가 불가능하면 ‘조기환급’을활용한다. 세금계산서를 수취한 달의 다음 달 25일까지 신청하면 15일 이내에 환급되어 목돈이 묶이는 것을 막을 수 있다.

단, 사업자등록 신청 전의 매입세액은 원칙적으로 공제·환급이 불가능하므로(제39조 제1항 제8호), 세금계산서 수취 전에 일반과세자로 사업자등록을 먼저 마치는 것이 원칙이다.

안분계산 무시시 세금 폭탄 : ‘30% 룰’

부가세를 줄일 목적으로 건물 가액을 임의로 낮게 기재하면 위험하다. 부가가치세법 제29조 제9항에 따라 토지·건물 가액 구분이 불분명하거나 안분 건물가액이 법정 기준(감정평가가액·기준시가)과 30% 이상 차이나면, 과세관청은 이를 부인하고 가액을 재산정해 부가세를 재추징하며 가산세를 부과한다. 감정평가를 받거나 기준시가 비율로 정확히 안분해 세금계산서를 발급해야 세무조사 리스크를 차단할 수 있다.

과세 면세 겸용 사용 상가의 공통매입세액 안분 유의사항

면세사업자(병·의원, 학원 등)와 과세사업자(카페, 사무실 등)가 함께 입점한 겸영 상가는 외벽 수리비·엘리베이터 유지비 등 공통매입세액을 면적 또는 공급가액 비율로 안분해 과세분만 공제받아야 한다(시행령 제81·82조). 특히 한방병원 등 면세사업 목적으로 건물을 취득하는 경우, 면세사업에 직접 사용되는 부분의 매입세액공제가 부인되므로(적부2026-0006) 건물의 실질 용도를 사전에 철저히 검토해야 공제 분 전액 추징을 피할 수 있다.